なぜそんなに苦労しているのか理解できない。build-unix.txtの手順に従っただけだ。Boost 1.37用にちょっとした修正を加えたが、次回SVNを更新する時にアップロードする。以下に記載する：
依存関係
sudo apt-get install build-essential sudo apt-get install libgtk2.0-dev sudo apt-get install libssl-dev sudo apt-get install libdb4.7-dev sudo apt-get install libdb4.7++-dev sudo apt-get install libboost-all-dev (or libboost1.37-dev)
その最後のハイライト部分が原因だった。そのコマンドではすべての libboost パッケージをインストールできない（*でも試した）が、問題の一部は libboost に関する「すべて」をインストールすると文字通りに解釈しすぎたことだ、笑。
実際には、libboost1.37-dev パッケージだけで、すべてのコンパイルエラーが消えた。それ以外は、独自の wxWidgets のコンパイル、Boost 1.4 のコンパイルなど、すべて問題なく動いた。
つまり最後のコマンドは単純に sudo apt-get install libboost1.37-dev
余談だが、Ubuntu 64bit システムでコンパイルしたので、できたプログラムは 64bit 対応になった。いくつかの 64bit システムでテスト中だ。