~/.bitcoinディレクトリに設定ファイルを置くということだな、それは良さそうだ。「パスワードが設定されていない」の警告で、ファイルの場所と何をすべきかを伝えることができる。
難しい質問だ！最も一般的：おそらく Windows INI ファイルだろう。Windows が OS として最も普及しているから。
JSON を推したい。JSON は（ほぼ）YAML のサブセット（YAML は設定ファイルの一般的な選択肢）なので、JSON または YAML パーサーで読める。 最大の利点は認証をトランスポート層に適切に配置することだと思う。そうすれば将来、本格的な HTTPS と証明書を導入する場合に API を変更する必要がない。 いや、単に「command」と「parameter」を混同して、こうしただけだ：
> bitcoind help
error: First parameter must be the password.
> bitcoind <my password> help
error: unknown command: <my password>
>bitcoind help <my password>
... that works.