virtualcoin さん、ありがとう。完璧な比較だ。
32 ビット Windows（2310k）から 32 ビット Linux（2500k）への 8%の速度向上は、おそらく Linux 上の新しいバージョンの GCC（4.4.3 vs 3.4.5）によるものだ。
32 ビットから 64 ビット Linux への 15%の速度向上はもっと謎だ。コードは完全に 32 ビットだ。
うーん、x86-64 で追加された 8 つの追加レジスターが効いているのだと思う。16 の状態変数のほとんどをレジスターに保持できれば、SHA にとって大きな違いになるだろう。