確かに、だがversionパケットは送られるすべてのパケットの中でおそらく一番小さいものなので、ほかで得られる利点の方が大きい。それと、本題を見失わないでほしい。Protocol Buffersの方がサイズが小さいというのは、forwards compatibleであり、bitcoinを言語間で移植可能にする、という事実に対する副次的な利点だ。
カスタムでないフォーマットはデバッグもしやすい。自分一人が使っているわけではなく、別のプロジェクトにいる大勢の人間がバグを探し、修正してくれる。パケットをデコード・表示するツールも手に入ることが多く、何か問題があったときに気づきやすくなる。個人的にはパケットサイズは最も重要度の低い理由だと思う。