それをやりたいなら、rpc.cpp を変更して nValue を直接扱うのがおそらくベストだ。
受信者はコインを受け取るために特別なことをする必要はない。ただし、追加の（0.01 未満の）ビットコインのほとんどは結局破棄することになるだろう。あなた自身もコインを破棄することになる、ただしおそらくより頻繁に。この方法だとかなりの量を失うかもしれない。
Bitcoin がどのコインを送るかを選ぶ方法を改善することで、（自分自身の）0.01 未満のビットコインを扱うことによる損失をなくすことはできる。現状では「ダストお釣り」状況を避けようとしないので、ランダムに発生する。