現在可能なのは、オプションで「トレイに最小化」を設定し、bitcoin -minで起動して最小化状態で開始することだ。表示されるのはトレイ上の小さな（20x20）アイコンだけで、UIにアクセスしたい場合はダブルクリックできる。注意：64ビットKarmic Koalaでトレイアイコンが消えることがあるバグがある。64ビットのせいかKarmicのせいかはわからないが、32ビットJauntyでは問題なかった。
0.2のリリースに間に合うようにLinuxの「システム起動時にBitcoinを開始」機能を実装する時間がなかったため、グレーアウトされている。Linuxユーザーならとにかく手動で設定することを気にしないだろうと思った。正しく行うには -minスイッチを知る必要があるだろう。
-datadir=<ディレクトリ> スイッチでデータディレクトリの場所を指定できる。TrueCrypt USBドライブに置くために既にそうしている人がいるのは知っている。