現在可能なのは、オプションで「トレイに最小化」を設定し、bitcoin -min で起動して最小化状態で開始することだ。表示されるのはトレイ上の小さな（20x20）アイコンだけで、UI にアクセスしたい場合はダブルクリックできる。注意：64 ビット Karmic Koala でトレイアイコンが消えることがあるバグがある。64 ビットのせいか Karmic のせいかはわからないが、32 ビット Jaunty では問題なかった。
0.2 のリリースに間に合うように Linux の「システム起動時に Bitcoin を開始」機能を実装する時間がなかったため、グレーアウトされている。Linux ユーザーならとにかく手動で設定することを気にしないだろうと思った。正しく行うには -min スイッチを知る必要があるだろう。
-datadir=<ディレクトリ> スイッチでデータディレクトリの場所を指定できる。TrueCrypt USB ドライブに置くために既にそうしている人がいるのは知っている。