良い指摘だ。SSE2 がなくても生成をオフにすれば動作できるはずだ。
cryptopp/config.h の先頭に以下を追加するのはどうだろうか：
#if !defined(_M_X64) && !defined(x86_64) #define CRYPTOPP_DISABLE_SSE2 1 #endif
これにより 32 ビットビルドで SSE2 が無効になる。（少なくとも GCC または MSVC では）
そう、ただ makefile で指定する方がいい。そうすれば、古い CPU を気にしない人は、ソースをいじらずにフラグを外すだけで SSE2 サポートを有効にしてコンパイルできる。
CMake ビルドにも、それ用の CMake プロパティを追加できる。